Un des manques les plus flagrants est l'absence de repérage pour le visiteur.

Effectivement, même en visitant une catégorie ou un mois, il n'a d'indication sur l'endroit où il se trouve que dans le titre de la page et dans le menu, qui ne sont pas très visibles.
C'est une grande source de confusion, d'autant plus que lors de la visite d'une catégorie, la sélection d'une date affiche la liste des billets pour cette date... dans la catégorie précédemment visitée !
La solution pour combler ce vide est assez simple, en éditant le fichier template.php qui se trouve dans votre dossier de thème : au dessus de la ligne include dirname(FILE).'/list.php'; ?>, on peut ajouter :

if($mode == 'cat') {
echo '<p>Catégorie ';
dcSingleCatTitle('%s');
echo '.</p>';
}
elseif($mode == 'month') {
echo '<p>Mois de ';
dcSingleMonthTitle('%s');
dcSingleCatTitle(' dans la catégorie %s');
echo '.</p>';
}

Ces quelques lignes vérifient si c'est une catégorie ou un mois qui est affiché, et si c'est le cas, elles insèrent la description de la page visitée. L'utilisateur se repère donc mieux : il se localise sans regarder le titre ou le menu.
Mais la version 2 de DotClear, annoncée par Olivier Meunier sur son blog, incluera un système complet de gabarit. On est comblé !

Un autre débat : les adresses générées par DotClear. Elles sont (en Path Info) relativement propres et ne posent aucun problème à l'indexation par les moteurs de recherche ; mais cependant, elles sont parfois un peu obscures pour le visiteur. La présence de la date dans l'adresse, qui se justifie par un souci d'informer l'utilisateur curieux, est en fait plus troublante qu'autre chose pour certains : rares sont ceux qui regardent la date d'un billet en fonction de son URL, pour les autres, c'est un rallongement inutile qui donne l'impression que les adresses générées sont fouillies. Cependant, ce choix se défend tout à fait et c'est très subjectif de vouloir la laisser ou non...
L'extension Personnalisation d'URL permet très précisement de régler ça. Et comble du raffinement, elle vous permettra de continuer à reconnaître vos anciennes adresses, il n'y aura donc aucune erreur pendant la transition.
C'est exactement le genre de plug-in qui devrait être intégré par défaut à l'installation de DotClear.

Ensuite, c'est sur la navigation même au sein d'un blog qu'il faut s'interroger... Si les catégories peuvent se réveler utiles, les archives par mois permettent uniquement de trier les informations mais ne constituent en aucun cas un réel moyen de trouver des informations. La fonction recherche est donc cruciale, mais son défaut est justement d'être précise : que penseriez-vous d'une librairie qui ne vous permettrait de feuilleter des livres dont vous possédez le nom ?
Sans inventer de méthode révolutionnaire, on peut citer l'extension twTags qui permet d'associer des mot-clefs (maintenant appelés tags, c'est plus web 2.0 :-) ) à chaque billet pour ensuite recréer un nuage, à la manière de Flickr. Ce moyen de navigation permet de piocher et de fouiner dans les billets existants sans donner de qualificatif précis à sa recherche... ce qui se révèle à l'utilisation très agréable.

Voici la liste non-exhaustive des défauts majeurs d'usabilité que je trouve à DotClear, bien qu'il y en ait sûrement d'autres.
À méditer !